Se había firmado la paz entre Inglaterra y España. Se acordó cederle a la primera a al Corona Inglesa la isla de Jamaica con la condición de unirse en el combate contra la piratería. El rey Carlos II aceptó. Así, decidió premiar la exitosa vida corsaria de Morgan armándolo caballero y nombrándolo Teniente Gobernador de Jamaica.
En honor a España, debemos resaltar los móviles bastardos que tuvo la guerra filibustera llevada a cabo por Inglaterra, Francia y Holanda. Estas tres naciones estaban celosas de las colonias españolas en América y justificaron la actividad corsaria sobre los bienes españoles diciendo que vengaban las atrocidadaes cometidas por Cortés, Pizarro y otros conquistadores. El odio religioso y el afán de riquezas fueron los móviles de corsarios como Francis Drake y Henry John Morgan. La vida de este último como Gobernador de Jamaica, ahora convertido en protector de la ley, fue lo opuesto a sus días de corsario. Comenzó a perseguir a los piratas por lo que se ganó el odio y el desprecio de sus antiguos compañeros. El asalto a Panamá que tuvo lugar en 1671 y en el cual había fingido ignorar el tratado de Madrid, Morgan tuvo un comportamiento desleal con sus compañeros. Había hecho desembarcar de sus naves barriles con bebidas alcohólicas para embriagar a los piratas y repartir el botín entre él y los piratas confabulados el botín. Una vez asegurada la carga, partió con las naves dejando al resto abandonados a su suerte. Entre estos hombres se encontraban Morris y Harris. Muchos años después, aun resentidos por eldesplante de Morgan, estos dos hombres vivían en la Isla Tortuga.
En una taberna de la Tortuga mientras ambos piratas escanciaban sendos vasos de ron, Morris dijo a su amigo:
-No sé si a ti te ocurre lo mismo, Harris, en los vapores de este vaso busco olvidar la afrenta que Morgan nos hiciera en Panamá.
-A mí, por el contrario, me produce un efecto distinto. Aumenta mi rencor hacia ese canalla que olvidó su pasado de pirata y ahora dice representar la ley cuando lo cierto es que está gozando de sus rapiñas en Jamaica. Sin embargo, a nosotros nos queda un recurso, Morris: el desquite y la venganza. He venido madurando un plan para que lo pongamos en práctica, un ataque sorpresivo a Port Royal durante la noche. Podríamos llevar un doble ataque, uno por mar que yo comandaría mientras tú desembarcas con tus hombres en un lugar cercano a Port Royal y atacan por tierra. Aquí en la Tortuga podremos reunir una buena cantidad de hombres ya que Morgan no cuenta ya con la simpatía de los piratas. Nuestros barcos no llevarán la bandera negra de la piratería sino la de Inglaterra con lo cual no despertaremos sospechas. Los hermanos de la costa -nombre que se daban a sí mismos los piratas del Caribe en la Isla Tortuga- estaban al corriente de lo que Morgan había hecho en Panamá de modo que cuando Morris y Harris les propusieron que los secundaran en una expedición contra Port Royal para vengar esa afrenta, aprobaron la decisión en forma unánime y masivamente resolvieron incorporarse a la expedición.
En una fría noche del1683 en una taberna de Port Royal, Morgan daba rienda suelta a su vida licenciosa. Era notoria su inclinación al ron. De repente, la quietud de la noche se vio interrumpida por el estapido de los cañonazos en el puerto. Morgan, sobresaltado y alarmado interrogó a los parroquianos.
-Atacan Port Royal, señor -fue la respuesta. Es algo sumamente extraño porque al atardecer ha sido avistada una escuadra pero las naves llevaban bandera inglesa.
El estado de obnubilación en que estaba Morgan no le permitió tener la velocidad de reacción necesaria. Hizo lo que pudo dando orden a la artillería costera de rechazar el ataque. Los astilleros de Harris disparaban con matemática precisión ocasionando serios daños en las barracas del puerto. Por su parte, Morris había atacado por tierra la ciudad esparciendo el terror en los barrios de Port Royal. Todo era confusión y espanto y las bandas armadas de Morris se entregaron a un saqueo desenfrenado. Consumado este, Morris reembarcó en los barcos de Harris y ambos emprendieron el regreso a la Tortuga. La antigua cuenta del asalto a Panamá estaba saldada.
A diferencia de lo que ocurre entre gente de su clase, Morgan moriría en su cama poco tiempo después, en agosto de 1688. Sus restos fueron sepultados en la iglesia de Santa Catalina.