Muy poco tiempo de fundada tenía esta ciudad de los Reyes, muchos habían sido los alborotos y turbulencias de todo tipo que habían vivido los conquistadores, fue también muy grande el derramamiento de sangre y cuando aún no se había apagado el militar estruendo y las luchas internas, nacía la universidad de San Marcos para cuya erección el cabildo de Lima comisionó, a fray Tomas de San Martín y a Jerónimo de Aliaga con el fin de que pidieran al Rey un estudio general, este se fundó en Santo Domingo habiendo estado también en San Marcelo, de donde paso a las casas de san Juan de la Penitencia, donde doña Juana Escalante dirigía una especie de gimnasio como también se le llamaba, que había fundado en 1556 el virrey de Cañete don Andrés Hurtado de Mendoza con doña Catalina Argüelles quien era viuda del licenciado Cepeda, que como primera directora y fundadora es digno de anotarse; este solo tema se presta a un basto estudio, la influencia e intervención decisiva de las mujeres en muchos aspectos de la vida colonial, fueron nuestras remotas abuelas muy laboriosas y resueltas, más que en galas y festejos se les ve ocupadas en menesteres sociales de importancia para la misericordia con el prójimo, amen de la acción digna que tuvieron en la formación de los huertos y jardines que dieron tanta fama a Lima la ciudad de los Reyes.

La universidad se liberó pronto de su aspecto puramente religioso y entro en lo que podríamos llamar un aspecto laico, donde comenzo a realizar su gran obra de cultura, a fines del siglo XVI son muchos los ingenios y altos espíritus que patentizan esta labor, el florecimiento intelectual de Lima en esa época y comienzos del siglo XVII es demostración palmaria de que el empeño educacional fue muy grande.

Según datos tomados de un libro grande forrado en cuero que dice en su portada grados de licenciado y doctor, contiene este de 1571 y menciona que el licenciado Francisco Franco (de quien no se ha podido obtener mayores datos porque no aparece en el libro de Mendiburu, ni en el de otros historiadores de la época colonial) se presentó el 14 de enero de 1571 y pidió el grado de medicina; el claustro de esa época se encontraba compuesto por los doctores:

Pedro Fernandez de Valenzuela
Diego de Zúñiga
Gaspar de Meneses
Martín Sanchez de Renedo (el famoso protomédico)

los maestros aceptaron el grado de medicina que se les pedía, el decano de la facultad era don Gaspar de Meneses, así consta lo que demuestra que esa facultad existía ya en aquel año.

Los primeros grados se daban en ese entonces en acto publico y en acto secreto en Santo Domingo, se ponían edictos en diversos lugares de la ciudad y se concedía diez días para los que tuvieran algún derecho de prelación o antigüedad lo pidiera, los grados universitarios eran muy lucidos, toda la ciudad participaba de los festejos y ceremonias, se hacía con caracteres religiosos tanto en la capilla de la antigua en la catedral como en santo domingo, se cuenta de un magnífico retablo que costo según partida vista en un cuaderno de cuentas cuatro mil pesos, lo hizo el artista tallador y escultor llamado Alonso Martín de Meza.

En esa época un grado doctoral era muy costoso, algunos graduados además de los derechos de las ayas o achas y las propinas, de la colación que se daba en especies ofrecían un convite a los padrinos y maestros, algunos hacían corridas de toros y otros fuegos artificiales, entonces se daba gran importancia a la vida intelectual y se tenía respeto a la gente que se preocupaba en estudiar y saber.

Entre los grados curiosos aparece la de los dos Escalonas y Agüeros, los del poeta Pedro de Oña, del licenciado Urdaide que fue autor de comedias y muy aplaudido en el siglo XVII, de don Barreda de Castro que llego a rector, de Ochoa Salmerón juez comisionado a la ciudad de Trujillo con motivo de duelos sangrientos realizados en esa ciudad.

Es tan variada, tan múltiple, tan llena de sugestiones la vida del Peru y de Lima durante los tres siglos de la vida colonial, que solo una labor grande y de conjunto podría revelar el fondo de reciedumbre que palpito sobre todo en los dos primeros siglos, ya que el último con su sentido burocrático que ha perdurado arrebató todo el carácter de vigor y solo dejaron percibir el boato y la cortesanía.