La historia comienza con Americo Bonasera, que se lamenta por la desgracia que le ha ocurrido a su hija:1 un par de jóvenes la golpearon y le destrozaron su bello rostro. Bonasera le dice a su mujer que solo don Vito Corleone, jefe de la Familia Corleone les podrá hacer justicia. Don Vito recibe a muchos invitados en su casa, ya que es la boda de su hija Connie Corleone, para la que han organizado una majestuosa fiesta el último sábado del mes de agosto de 1945,2 fiesta que incluyó la presencia del famoso cantante Johnny Fontane. Los hijos de don Vito, Sonny, Fredo y Michael también están presentes en la celebración familiar, así como los hombres de confianza del Don, los capos Sal Tessio y Peter Clemenza y el consigliere Tom Hagen. El Don recibe a unos cuantos invitados en su despacho, ya que ningún siciliano puede negar una petición en la boda de su hija. El Don escucha la súplica de Bonasera e incluso una petición de su ahijado Johnny, quien le pide convencer a un productor de cine para que le dé un papel en su nueva producción en Hollywood. En esa misma reunión, el Don accede a reunirse con Virgil Sollozzo, un hombre que tiene un negocio que proponerles a los Corleone.

El Don asigna a Tom Hagen la tarea de hablar con Jack Woltz, el productor peleado con Johnny. Él se niega, argumentando un lío de faldas y por lo tanto, los hombres de Don Vito asesinan un caballo de Woltz y le ponen la cabeza entre sus sábanas. Woltz, muy asustado por la acción, acepta a Johnny como actor, cosa que vuelve a encumbrar a Johnny.3

Don Vito se encuentra con Sollozzo, quien le propone traficar con drogas.4 Su plan es distribuirlas con la familia Tattaglia y necesita que los Corleone lo protejan a cambio de un 30% de ganancias,5 pero el Don se niega rotundamente argumentando que perdería sus privilegios con políticos y jueces si accede a ese negocio. Sollozzo, molesto por eso, piensa que Don Corleone representará un problema y trata de asesinarlo sin éxito. El intento de asesinato desata la ira de Sonny, el hijo más violento del Don, y provoca una guerra entre mafias, que comienza cuando Pete Clemenza ejecuta al traidor que vendió al Don a Sollozzo para que tratara de matarlo. Michael Corleone propone asesinar a Sollozzo para que no intente nada más y al capitán de Policía que lo protege y él mismo ejecuta el plan a la perfección. Como la policía lo busca por todos lados, Michael se refugia en Sicilia.

Mientras tanto, Sonny asesina a Bruno Tattaglia como venganza por el atentado a su padre, lo que provoca que las demás familias traten de acabar con Sonny. En una trampa que le tiende su propio cuñado Carlo Rizzi, Sonny sale desprevenido de la finca Corleone, furioso al enterarse de que Carlo ha golpeado a su hermana Connie. Carlo avisa a las familias, quienes lo interceptan en la carretera y lo asesinan. Don Corleone convoca una reunión de familias (La Cosa Nostra) de Nueva York donde aclara su postura sobre el negocio de las drogas y le pide a todos que eviten la guerra, ya que las venganzas no revivirían a Bruno o a Sonny y sólo perjudicarían a todos. Además, pide seguridad para que Michael regrese.

Una vez que Michael regresa, el Don le confiesa que en realidad los Tattaglia no eran responsables. Emilio Barzini, Don de los Barzini era quien estaba detrás de todo y le advierte de que si alguien le propone una reunión con Barzini será una trampa y quien se la proponga será el traidor. Don Vito Corleone muere a causa de un paro cardiaco y, en el funeral, Sal Tessio le propone a Michael la reunión con Barzini, así que Michael manda a asesinar a Tessio por ser el traidor. Tessio le pide a su ejecutor que le diga a Michael que «no fue personal, sólo negocios». Más tarde Michael ordena el asesinato de todos los Don de Nueva York de forma simultánea, cabezas de las llamadas Cinco Familias, lo que lo convierte en el hombre más poderoso de la mafia de Estados Unidos.

Sin embargo, decide retirarse de la vida como mafioso, al menos parcialmente, y dedicarse a la industria del juego en el estado de Nevada, llevándose con él a Tom Hagen y permitiendo a Pete Clemenza que formara su propia familia.