Fue el primer arzobispo de Lima la ciudad de los Reyes y nació en Talavera de la Reina, fueron sus padres don Álvaro de Loayza y Carvajal y la dama Ana González y Paredes, era sobrino carnal del cardenal Domingo de Loayza quien presidia el concejo de indias y era además confesor del Rey Carlos V, además de general de la orden de los dominicos; Gerónimo de Loayza en 1510 ingresa a la orden de santo domingo en la ciudad de Córdova, en 1514 en compañía de fray Pedro de Córdova viaja a la isla de Santo Domingo de la Española, en 1516 regresa a España para proseguir sus estudios teológicos, el 3 de agosto de 1537 el Papa Paulo III crea el obispado de Cartagena (Colombia) y lo nombra obispo cuando aún se encontraba en Valladolid y en ese lugar es preconizado, en 1538 viaja a su obispado en compañía de varios religiosos de la orden dominicana.

Corría el mes de enero de 1541 y el obispo Gerónimo de Loayza es promovido con el mismo cargo a la provincia de Nueva Castilla del Perú con un sueldo de 500,000 maravedíes anuales, el 31 de enero parte de Cartagena y llega a Lima el 14 de marzo de ese mismo año, el 18 de marzo de 1541 Gerónimo de Loayza se hace cargo de su diócesis y en los últimos días de ese mes funda la Archicofradía de los Caballeros de la Veracruz en la que figura el gobernador don Francisco Pizarro, el 14 de mayo recibe la bula Papal de Paulo III en la que lo autoriza a nombrar párrocos, canónigos, deán, cabildo eclesiástico y racioneros, por el mes de junio se encuentra en Lima cuando los Almagristas dieron muerte a don Francisco Pizarro; el 18 de setiembre de 1542 asiste a la batalla de Chupas donde el comisionado Cristóbal Vaca de Castro derrota a los Almagristas y condena a muerte a don Diego de Almagro.

En diciembre de 1542 ante el comisionado Cristóbal Vaca de Castro y el obispo García Díaz acuerdan los límites de las jurisdicciones eclesiásticas de los obispados de Lima, que llegan hasta Bracamoros y de allí hacia el norte hasta Pasto (ecuador) el 31 de enero de 1544 el Papa Paulo III emite una bula ordenando que los obispados de Popayán, Quito, Cuzco, Panamá y Nicaragua sean dependientes de la diócesis de Lima, el 4 de agosto el obispo Gerónimo de Loayza es nombrado protector de los indios, luego el 9 de abril de 1548 asiste a la batalla de Jaquijahuana, donde el gobernador Pedro de la Gasca vence y condena a muerte a don Gonzalo Pizarro, ese mismo año 1548 Gerónimo de Loayza recibe el nombramiento de Arzobispo y es preconizado en el Cuzco ante el gobernador la Gasca, en 1549 consagra la nueva catedral de Lima que fue construida en lugar de la antigua iglesia de nuestra señora de la asunción de Lima y nombra como canónigo a fray Francisco Jiménez, por el año 1550 el arzobispo Gerónimo de Loayza nombra rector de las misiones de Jaén y Maynas al franciscano Gil Ramírez Avalos, quien viaja a esas regiones con religiosos de su orden.

De 1551 a 1552 el arzobispo Gerónimo de Loayza ordena un concilio, al que se llamó el concilio de Lima, a él asisten los obispos de Popayán, Panamá, Quito y Cuzco y en él se acuerda que los clérigos doctrinarios aprendan el idioma Quechua para mejor instruir a los naturales; es en 1559 que funda la hermandad de la caridad durante la peste de la viruela y sarampión que azoló la ciudad de los reyes; en 1567 realiza un segundo concilio que fue para aplicar los decretos del concilio de Trento y en 1570 da principio a la construcción del palacio arzobispal, en el mismo lugar que hoy se halla y mientras traslada su sede a la iglesia de san Marcelo, por el año 1575 el arzobispo Gerónimo de Loayza en su testamento señala que es propietario de una huerta que se hallaba en lo que es hoy conocido como el hospital 2 de mayo, ordena que a su muerte sea vendido y que el comprador reconozca 600 pesos y 42 reales a favor del hospital de santa Ana, cuentan que estas tierras y huerta fueron adquiridas por Lorenzo Figueroa Estupiñan y su esposa Ana de Rivera, el 25 de octubre de 1575 el arzobispo Gerónimo de Loayza fallece en esta ciudad de los reyes después de haber sido testigo de la vida azarosa de la colonia en sus primeros tiempos.

El 27 de marzo Diego de la Madrid es nombrado arzobispo de Lima y renuncia al cargo para aceptar el arzobispado de Valencia (Colombia) lo que dio motivo para que fuera nombrado arzobispo de Lima fray Toribio de Mogrovejo.