Stanford fue fundada por el magnate ferroviario y gobernador de California Leland Stanford y su esposa, Jane Stanford. Fue nombrada en honor a su único hijo, Leland Stanford Jr., quien murió de fiebre tifoidea en su adolescencia. Se la conoce localmente como The Farm (La Granja) porque la universidad está situada en lo que fuera la granja de cría de caballos de Leland Stanford.

La universidad abrió sus puertas oficialmente el 1 de octubre de 1890, con un total de 559 estudiantes y 15 docentes, siete de los cuales provenían de la Universidad Cornell. Originalmente no se cobraba por la instrucción y, aunque la enseñanza era mixta, el número de mujeres inscritas estuvo limitado durante varios años.


Universidad Stanford.
El lema oficial de la universidad, seleccionado por los Stanford durante la formación de la institución, es "Die Luft der Freiheit weht", cuya traducción del alemán es "sopla el viento de la libertad". La frase proviene del reformador Ulrich von Hutten, y fue elegida en una época en la que el alemán había reemplazado recientemente al latín como idioma dominante en las humanidades y la filosofía, función que retendría hasta la Segunda Guerra Mundial.

Stanford fue hasta los años 1930 una universidad relativamente pequeña y poco importante. Entre 1929 y 1934, Herbert Hoover, un graduado de esta Universidad, presidió los EE.UU. en un periodo caracterizado por una gran crisis económica. En 1939, William Hansen y los hermanos Russell y Sigurd Varian inventaron el tubo Klystron, un generador de microondas de alta frecuencia que fue la base de los radares de la Segunda Guerra Mundial. A partir de entonces, Stanford fue incrementando su reputación internacional, primero gracias a los proyectos de investigación militar y después al espíritu emprendedor de sus profesores y estudiantes. Stanford ha sido la cuna de empresas técnicas y científicas tan importantes como Hewlett-Packard, Cisco Systems, VMware, Yahoo!, Google y Sun Microsystems. De hecho, "Sun" originariamente era una abreviatura de "Stanford University Network".

A lo largo de su historia Stanford ha tenido a veintisiete galardonados con el Premio Nobel entre sus profesores, en áreas como por ejemplo la Economía, destacan (Kenneth J. Arrow, Gary Becker, Milton Friedman, Douglass North, Myron Scholes, William Sharpe, Michael Spence, Joseph E. Stiglitz), en Física, (Felix Bloch, Steven Chu, Robert Hofstadter, Robert B. Laughlin, Douglas Osheroff, Martin Perl, Burton Richter, Arthur L. Schawlow, Richard E. Taylor), y en Química (Paul Berg, Roger Kornberg) o Medicina (Andrew Fire, Arthur Kornberg). Aunque el trabajo que les llevó a ganar el Nobel no se desarrolló en muchos casos en esta universidad, Stanford ha sabido atraer el talento de estos nobeles. Stanford figura entre las 10 mejores universidades de los EE. UU. en los campos de ingeniería eléctrica, ingeniería informática, economía, ciencias empresariales y derecho.


Universidad Stanford.
Stanford mantiene una sana y cordial rivalidad con la vecina Universidad de California, Berkeley. Esta rivalidad alcanza su cima todos los años con el "Big Game" o partido de fútbol americano entre los equipos de las dos universidades.

Actualmente la universidad es la mayor propietaria privada de terrenos en la Bahía de San Francisco gracias al legado de los Stanford. Sus terrenos son tan amplios que llegan a albergar un acelerador lineal, un parque empresarial con la sede mundial de Hewlett-Packard y un importante centro médico.