Al llegar el ejército libertador y proclamada la independencia, el protector don José de san Martin tuvo el acierto de encarar el problema de la cultura popular, decretando con fecha 28 de agosto de 1821 como una medida inicial la fundación de la biblioteca nacional, a la que podrían acudir sin distinción toda persona con ganas de aprender, para capacitarse y comprender los beneficios del saber, pues la ignorancia era una de las mejores aliadas del opresor.



De conformidad con el decreto del 8 de febrero de 1822 comenzaron a hacerse los preparativos, para la instalación de la biblioteca en el antiguo local del colegio de los Caciques, que había pertenecido a los jesuitas y convertido en esos días en el colegio de “la libertad”.



El general san Martin y sus ministros Monteagudo y García del Rio iniciaron los donativos, con el obsequio de 600 volúmenes y siguió la universidad con otros tantos, el cabildo y las corporaciones religiosas, cuando todo estuvo listo y habiéndose colectado 1256 volúmenes, se procedió a la inauguración de la biblioteca el 17 de setiembre de 1822 con asistencia oficial de todo el gobierno.



Comenzaba así la brillante institución, al principio fue un poco lánguida hasta que la presencia del ilustre pensador y tribuno don Francisco de Paula Vigil, en la dirección de la biblioteca nacional trabajase intensamente por enriquecerla para que estuviese a tono con el progreso cultural de la época, en sus anaqueles se podía encontrar muchas ediciones valiosísimas, plantinas elzevirianas y las llamadas admusum delphini especialmente en literatura clásica, en filosofía se hallaban todas las obras escritas desde Platón y Aristóteles hasta Kant, en historia figuraban todos los clásicos Grecorromanos hasta los cronistas de indias, en materia religiosa poseía costosas y completas ediciones, todas las biblias publicadas hasta esa fecha; en historia natural figuraban las obras de Buffon, Humboldt, Bompland; en arqueología figuraba el libro antigüedades Peruanas de Rivero y Tschudi, aparte de las publicaciones de Squier, Brasseur de Bourghour; en geografía y viajes figuraban las obras de Estrabon, Pomponio, Pinkerton, Alcedo, Frezier, Ulloa, Lacondamine, uno de los libros más raros era el escrito por Enrique VIII en defensa de la iglesia católica, la colección americana ostentaba los nombres de León Pinelo, Villarroel, Peralta, Olavide, Berriozábal, Juan de Cabiedes, Cosme Bueno, Larriva, Pardo, Segura, etc; conjuntamente con todas las gacetas y revistas escritas en Lima en colecciones perfectamente empastadas, entre los manuscritos figuraban muchas memorias de los virreyes, próceres de la inquisición, un curioso tratado de cetrería perteneciente a Carlos V, lujoso trabajo caligráfico, libros de heráldica con preciosos dibujos a pluma.



El año 1880 el número de ejemplares había llegado a 56,127 volúmenes, sin contar los duplicados y otros que estaban excluidos en el deposito; los libros estaban perfectamente distribuidos en los grandes salones Europa y América, la biblioteca se encontraba en estado floreciente cuando se produjo la ocupación Chilena tan aciaga, con ella se cerró su primer ciclo histórico; las huestes del general Lagos convirtieron el local de la biblioteca en cuartel de caballería, los mejores libros fueron enviados a Santiago de Chile y no pocos vendidos a peso por la soldadesca, como papel de despacho para las pulperías y bodegas, una infinidad fueron quemados y destrozados con bárbaro ensañamiento, la obra paciente de muchos hombres ilustres Peruanos quedo destruida por la fratricida acción guerrera de los Chilenos.



Después del tratado de Ancón el gobierno del general don Miguel Iglesias, puso mucho empeño en restaurar la malograda biblioteca decretando una medida con fecha 2 de noviembre de 1883, encargando la dirección a don Ricardo Palma nuestro ilustre escritor, puso el toda su incansable actividad en obtener por todos los medios, una gran serie de donativos de instituciones, autores, publicistas, editores, libreros y de personas de elevada cultura dentro del país y del extranjero; esta segunda inauguración de la biblioteca nacional se llevó a cabo el 28 de julio de 1884 con una existencia de 67,894 volúmenes, correspondiendo 18,630 al salón Europa, 41,946 al salón América y hallándose en depósito 4,318, en el salón América se encontraba 270 volúmenes de papeles varios que eran un conjunto de folletos originales.



Durante los 28 años de permanencia en la dirección nuestro gran escritor don Ricardo Palma, siguió solicitando donativos para enriquecer las colecciones de la biblioteca nacional y su labor fue la de un verdadero creador, para honrar el centenario de su nacimiento la municipalidad de Lima mando colocar un busto en el área fronteriza de dicha institución; entre las numerosas colecciones adquiridas en esta segunda etapa, son dignas de mencionar las llamadas librerías Zegarra y Paz Soldan que son fuentes de la historia nacional, mención especial merecen los importantes donativos enviados por los gobiernos de Argentina y Uruguay, entre los primeros directores que tuvo se encuentran don Francisco de Paula Vigil, el doctor Mariano Arce, el doctor Joaquín Fernández de Paredes, don Ricardo Palma.