Si ello fue así el ardid surtió sus efectos y por cedula despachada en el Pardo con fecha del 19 de octubre de 1567, el Rey encargaba al presidente y oidores de esta Real Audiencia que le informasen de lo que estaba pasando, luego añadía vos mando que envíen a dicho consejo relación particular(70) obtenía a la sazón el gobierno del virreinato y presidia la Real Audiencia el licenciado Lope García de Castro, quien sometió la información que el Rey pedía al oidor Bravo de Saravia, se hizo con copia de declaraciones y testigos y su resultado contribuyo a crecentar el pliego de instrucciones que se le dio al virrey Francisco de Toledo cuando vino a reorganizar el virreinato(71) la visita general del reino y las importantes reformas que luego le sucedieron dilataron el ver el caso de la universidad, no obstante los frecuentes pedidos del claustro que aunque se mostraba un poco mas complaciente con su nuevo rector(72) no por eso deponía sus deseos de reforma y sus anhelos de independencia, este caso de la universidad recién se lleva al Real Acuerdo en mayo de 1571, y con el parecer del virrey Francisco de Toledo provee un auto autorizando a los doctores y maestros para elegir un rector laico, capaz de promover la reforma y de llevarla a efecto, se aducía a este intento como causal jurídica el proceder a elegir rector(73).

Se decía que se hubiese procedido legalmente notificando el auto al rector fray Antonio de Hervias, pero ello se omitió reuniéndose secretamente el claustro y sus miembros laicos y eligieron como rector a don Fernando de Valenzuela, alcalde del crimen de esta Real Audiencia quien era graduado en derecho en la universidad de Osuna, y aquí en la ciudad de los Reyes disfrutaba de cierto prestigio siendo su catedra muy frecuentada(74) luego que este procedimiento se hizo publico y el despojo inferido al prior rector se sancionaba, los Dominicos se irritaron de tal suerte que estaban dispuestos a cerrar la universidad, antes que permitir que los laicos se apoderasen del rectorado, suspendieron las cátedras y clausuraron las aulas echando de su convento a los catedráticos que pretendían seguir sus cursos y también a los estudiantes que lo secundaban; entretanto el procurador del convento fray Diego de Corvaran, interponía ante la Real Audiencia la correspondiente querella de despojo y pedía se anulase la elección del doctor Valenzuela, por cuanto ella adolecía de insanables defectos legales, la Real Audiencia sin embargo desestimo la demanda y sostuvo la legalidad de la elección, fundándose en que el claustro no había hecho sino cumplir con el auto gubernativo del virrey Toledo que mandaba elegir un rector laico; reanimados con este éxito los doctores y maestros acordaron conminar al provincial y para este efecto lo mandaron notificar con el secretario de la universidad, para que señalase lugar cómodo para hacer claustro y para examinar y dar grados(75) era a la sazón provincial el Rdmo fray Alonso de la Cerda, quien respondió al atrevido requerimiento del claustro promoviéndole un nuevo juicio ya por vía ordinaria.

De acuerdo con el auto que desechaba la nulidad planteada por el procurador del convento, la Real Audiencia proveyó otro apercibiendo al provincial y ordenándole dejase actuar al claustro y suministre los aposentos donde funcionaba la universidad, y que si dentro de tres días no cumplía con lo mandado se autorizaría a los doctores y maestros para que ubicaran otro lugar, el provincial de la Cerda no tomo en consideración aquellas providencias e insistió en desconocer la elección del doctor Valenzuela y la calificaba de clandestina(76) entonces el claustro remite la causa a la Real Sala del Crimen, y ambos bandos intensifican la lucha y la amenaza de trasladar la universidad a otro lugar no amedrenta a los frailes, decían que si perdían el predominio que habían venido ejerciendo cerrarían la universidad; con el ingreso de la causa a la real sala del crimen se notifico al procurador del convento el 6 de julio de 1571, y este contesto reafirmándose en su tesis de atentatoria e irrita la elección de un nuevo rector; sin embargo todavía intento el claustro una conciliación con los Dominicos, para este efecto los doctores y maestros presididos por el doctor Valenzuela, se encaminaron al convento del Rosario el 19 de julio y trataron de entrevistarse con el Rdmo fray Antonio Hervias, este sin permitirles el acceso les increpo duramente su conducta, su ambición y sus intrigas, haciéndolos responsables de la suerte futura de la universidad, decía que no habían sido convocados los religiosos de la orden que por derecho debían intervenir en ella, el no podía permitir que un cuerpo extraño a su institución y que un gobierno autónomo viviera medrando dentro de sus claustros.

Bien comprendieron entonces los nuevos miembros de la universidad que su permanencia en el convento de santo Domingo se hacia imposible, pues su prelados y frailes se mostraban ahora hostiles, olvidando los desvelos que también a ellos le costara la organización y desarrollo de la universidad; esto lo manifestaron ante la Real Audiencia y pidieron trasladar la universidad de aquel convento y la mandase instalar en la casa de los padres de la compañía de Jesús, así se hubiera dispuesto pero los Jesuitas no quisieron malquistarse con los Dominicos y albergar en su colegio una institución ajena y con gobierno autónomo, para esto se excusaron sagazmente alegando que su colegio se acababa de fundar, que todo estaba en obra y no había comodidad alguna; resolvieron entonces los nuevos directivos de la universidad aventurar una ultima tentativa, que si resultaba favorable podría modificar la situación creada y normalizar la marcha de la universidad, es así que en la tarde del 21 de julio de 1571 mientras la comunidad oficiaba en el coro la víspera de santa María Magdalena, protectora declarada de la orden, los doctores y maestros lograron penetrar a los ambientes de la universidad y ahí se disponían a sesionar, cuando se presento de improviso fray Antonio Hervias y con tono altanero e iracundo dijo "idos con Dios, aquí no habéis de hacer claustro vosotros, solo haréis el claustro en que yo mande como rector(77) y dicen que el doctor Sánchez Renedo le respondió "dejadnos en paz y no nos perturbéis" a ello respondió el enérgico prior Hervias "no consentiré que en esta santa casa donde soy único señor, hagáis nada contra mi voluntad, soy prior y rector de la universidad".

Torno Sánchez Renedo a requerir al prior que los dejase quietamente hacer su oficio, volviéndose entonces el padre Hervias a uno de los religiosos presentes le dijo con voz airada, id y llama a los demás frailes, entonces los presentes entendieron que se provocaba el conflicto y acudirían a medios violentos(78) quisieron cerrar las puertas, y se armo tal algarada entre frailes y laicos que poco falto para que las espadas se cruzasen con los garrotes y llegase la sangre al rio; continuaba el incidente y crecía el vocerío, los ánimos se agriaban mas y mas, entonces llegaron unos negros bozales cargando los sillones y colgaduras que el doctor Valenzuela
mando traer, pues los frailes habían desmantelado el lugar sin duda con el propósito de obstaculizar, y evitar que el nuevo rector tomase posesión oficial de su cargo y pudiese ejercer su jurisdicción, la llegada de los negros irrito aun mas al prior quien ordeno a sus frailes que los echaran fuera, estos ejecutaron la orden descargando todo su enojo sobre aquellos infelices negros, que sin tener culpa debieron sufrir las consecuencias de las discordias de sus señores; quiso entonces el doctor Valenzuela dominar la situación del claustro, con voz fuerte y ademan solemne requirió al prior en nombre de su majestad el Rey que se retirase, pero el vigoroso carácter del padre Hervias no transigía ni deponía su actitud, cuando sus derechos yacían conculcados; entonces tomo la disputa inverosímiles proporciones y el prior se empezó a retirar y los frailes comenzaron a cerrar la puerta y dejaba dentro prisioneros a los laicos, forcejearon e impidieron que esta se cerrara y hubo palabras gruesas de ambas partes(79) la real sala del crimen intervino y pidió el desalojo de la sala a los laicos, que acataron la orden y se retiraron dando vivas a su rector.

Viendo el doctor Valenzuela que el rectorado se le hacia ilusorio, pues no podía funcionar la universidad ni actuar el claustro, acordó con los doctores y maestros acudir a la Real Audiencia y pedirle autorización para que los grados y actos escolásticos solemnes se verificasen en la iglesia mayor , para este efecto el 23 de julio se resolvió así y la Real Audiencia emitió el auto respectivo , de Verbo ad Verbum, siendo notificado el mismo día por la tarde el prior fray Antonio de Hervias, luego fue notificado el procurador fray Diego de Corvaran, quienes no respondieron nada ni hicieron oposición alguna(80) entonces se comenzaron a leer los cursos en las casas de los catedráticos, las conclusiones semanales y colaciones vespertinas se suspendieron, la universidad se vino tan a menos que ya no tenia de tal solo el nombre, aunque el rector Valenzuela movía secretamente poderosas influencias y enviaba al prior Hervias muchos intermediarios y valedores, nadie lograba arrancarle la mas ligera concesión, porque su entereza de carácter rayaba en lo inverosímil, ni los regidores mas caracterizados de la ciudad, ni los padres de la compañía de Jesús, ni los mismos inquisidores pudieron doblegarlo, entretanto ya era setiembre de 1571 y llegaba a la ciudad el virrey don Francisco de Toledo, quien tornaba de una de sus frecuentes visitas a las provincias andinas, y enterado de los sucesos que en buena cuenta el había preparado y dejado(81) tomo a su cargo la reorganización de la universidad y aunque pudo conseguir que el prior Hervias se desistiese de los juicios, no le fue posible obtener que la universidad volviera al convento Dominicano, y menos que actuara con gobierno autónomo.
Y es así que el dudoso porvenir que había venido amagando la existencia de la universidad, se definía al cabo satisfactoriamente y ya el 11 de octubre del referido año se reunía el claustro, sancionando acuerdos de vital importancia e incoaba las reformas y comenzaba a planear las futuras ordenanzas de la institución(82) y su definitivo establecimiento en el antiguo asilo de san Juan de la Penitencia, mientras todo esto sucedía en esta ciudad de los Reyes, la fundación de la universidad era aprobada y confirmada por la santidad del Papa Pio V, según y de la manera con las calidades y condiciones que la majestad del emperador la hizo y la instituyo, como consta en la Bula datada en Roma el 25 de julio de 1571, y por las letras apostólicas concordantes.

(70) reproduciendo la solicitud del arzobispo y su procurador. ver cedulario arzobispal de Lima, tomo III.
(71) el virrey Francisco de Toledo hizo su entrada a esta ciudad de los Reyes, el 26 de noviembre de 1569, recibiendo el mando de manos del gobernador Lope García de Castro.
(72) como ya lo mencionamos el Rdmo fray Antonio Hervias, tenia el priorato y el rectorado de la universidad por segunda vez.
(73) ver Levillier: gobernantes del Perú tomo III, correspondencia del virrey Francisco de Toledo.
(74) no obstante que los graduados de la universidad de Osuna, no tenían muy buena acogida y así lo da a entender Cervantes, cuando ridiculiza en su Quijote a cierto licenciado graduado en Osuna.
(75) autos que sigue el procurador del monasterio de santo Domingo de esta ciudad de los Reyes, contra la universidad. del antiguo archivo de la real audiencia de Lima.
(76) y lo era efectivamente, puesto que no fue citado a ella fray Antonio Hervias, quien debió presidirla, tampoco estuvieron los catedráticos de la orden, porque se presumía que pudiesen de alguna manera entorpecer.
(77) véase el expediente citado en la nota 75.
(78) y al intento dicen los autos, "se entendió que los llamaba para resistir a los dichos señores y echarlos fuera de dicha capilla, por las palabras encolerizadas y actos".
(79) echo muchas veces manos a la puerta de dicha capilla para cerrarla, estando los dichos señores dentro y por irle a la mano personas que allí estaban, que también echaban mano de dicha puerta que impedían que la cerrase, y sobre este caso hubo palabras fuertes de uno y otro lado.
(80) data de aquella época el patronazgo de la universidad sobre la capilla de nuestra señora de la Antigua, pues el cabildo se la asigno al claustro, para que en ella se verificasen las colaciones de grados, bajo la presidencia del Arcediano, quien los confería a los graduados con las mismas solemnidades que solía revestir aquel acto las universidades Españolas.
(81) y para evadir los efectos legales de las reposiciones y apelaciones dilatorias, tan luego como despacho el auto que autorizaba a los doctores y maestros laicos para elegir rector secular, se encamino a la sierra a reorganizar las nuevas reducciones.
(82) estas no fueron acrecentando en los sucesivos claustros, debidamente recopiladas se editaron en Lima.