El tercer rector que gobernó esta universidad fue el Rdmo don fray Alonso de la Cerda, quien sucedió en 1562 al padre Argumedo en el priorato del convento del Rosario y que retuvo hasta 1565; era natural el padre de la Cerda de la villa de Cáceres en Extremadura, procedía de una antigua y noble familia de aquella provincia, vinculada acaso con la ilustre estirpe de Medinaceli, apenas entrado en la adolescencia quiso correr fortuna por tierras de indias, pues siendo en su casa segundogénito no vislumbraba en su patria el porvenir que anhelaba, que un mancebo de su calidad bien podía ambicionar, así con la ayuda e influjo de los suyos le facilitaron los medios para poder embarcarse y pasar así al nuevo mundo; es muy probable que viniese al Perú en el sequito de criados y familiares que trajo consigo el licenciado Vaca de Castro, cuando vino a componer las diferencias que agitaban a Pizarro y a Almagro, que traían a los conquistadores divididos en opuestos bandos, dada la corta edad en la que vino el padre de la Cerda apenas seria uno de los pajes del licenciado.

Con la llegada del virrey Núñez de Vela feneció aquí la misión e investidura de Vaca de Castro, como es de suponer su comitiva comenzó a disgregarse tratando cada cual de buscarse en esta tierra el mejor acomodo(40) fue entonces que el joven de la Cerda acordó abrazar el estado religioso ya que el de cortesano le había resultado tan inestable, habiendo solicitado el habito de santo Domingo en el convento de esta ciudad de los Reyes, se la dio el Rdmo fray Tomas de San Martin en 1545, habiendo emitido sus votos monásticos el año siguiente; en 1557 fue ordenado prior del convento que tenía su orden en nombre de Dios(41) en 1559 desempeñaba igual cargo en el de san Pablo de Arequipa, y como tal intervino en el capítulo que celebrara su provincia en esta ciudad de los Reyes, en 1561 actuó como definidor y al año siguiente fue elegido prior, siendo el primer hijo del convento del Rosario que en el obtuvo la dignidad prioral(42) en un aparte se cuenta el funesto fin que tuvo fray Pedro de Toro quinto provincial de los dominicos en el Perú(43) quien murió en la prisión de la santa Inquisición, hubo de determinar aquí por parte de la orden una detenida investigación de los hechos, al efecto el Rdmo general de ella de acuerdo con el consejo de indias, envió como visitador extraordinario al padre maestro fray Diego de Osorio, quien después de haber llenado su misión con reconocido acierto, acordó convocar a la provincia a capitulo electivo, congregada está en el convento del Rosario el año 1569 salió electo provincial el padre de la Cerda, fue el sexto prelado mayor que gobernó la provincia.

Concluyo su cuatrienio el padre de la Cerda en 1573, en el capítulo que le dio por sucesor el padre fray Andrés Veles(44) y que se celebró en esta ciudad de los Reyes a mediados de aquel año, fue nombrado definidor general por la provincia del Perú y procurador de ella en la corte real y pontificia, pues de su sagacidad y ejecutoriada pericia prometía a sus electores singulares frutos(45) su actuación en España fue acertada(46) y el consejo lo tuvo en cuenta para recomendarlo al Rey y proponerle la mitra de la provincia de Honduras, cuya sede episcopal después de haber estado en Trujillo, se acababa de mandar fijar en la ciudad de Comayagua o Nueva Valladolid(47) donde había fallecido su ultimo obispo fray Jerónimo de Corella; se le despacho las bulas y letras apostólicas, su respectiva ejecutoria y pases reales, el nuevo obispo se consagro en España y por el año de 1577 retornaba a las indias y tomaba posesión de su diócesis, donde todo estaba por hacerse pues los frecuentes traslados de sede no habían permitido a los anteriores prelados establecerse debidamente, con todo venciendo las dificultades inherentes al medio la iba organizando el padre de la Cerda, en su postrero y definitivo asiento cuando lo sorprendió la real cedula que lo promovía a la cede de las Charcas, vacante entonces por el fallecimiento de fray Alonso Granero de Avalos, cuarto obispo de aquella santa iglesia(48) en 1588 ya lo encontramos en la ciudad de los Reyes de paso para su nueva iglesia, disfrutando aquí del afecto y consideración de sus antiguos amigos y discípulos, y lo que más extrañaba era la vida escondida y apacible de aquellos santos claustros que otrora hicieron las delicias de su espíritu, luego de arreglados los asuntos de su iglesia prosiguió viaje a la ciudad de la Plata la metrópoli de su diócesis(49) que lo recibió alborozada y obsequiosa, pues le había precedido la fama de sus virtudes(50) empero aquella legitima esperanza no llego a fructificar porque el señor se lo llevo a su gloria el año de 1592 cuando comenzaba el año cuarto de su gobierno.

En 1565 cesaba en el priorato del convento del Rosario el Rdmo fray Alonso de la Cerda, y lo asumía el Rdmo fray Antonio Hervias obteniendo con el cargo el cuarto rectorado de la universidad, ya por aquel entonces perfectamente organizado y floreciendo; el padre Hervias era oriundo de la villa de su nombre en tierras de Logroño, procedía de una antigua familia de honrados labradores, que poseían en ese lugar anchos prados y buenas heredades de labranza, el padre Hervias estudiaba en Salamanca y fue donde solicito y obtuvo el habito Dominicano en el insigne convento de San Esteban, allí profeso y prosiguió sus estudios alcanzando con los años a graduarse y a regentar una catedra de artes, posponiendo las ventajas que podía vislumbrar en San Esteban y en la universidad de Salamanca, decidió venir a tierra de indias agregándose a la copiosa misión que el Rdmo don fray Domingo de Santo Tomas saco con cedula real de las provincias dominicanas de Castilla y Andalucía, y con otros religiosos de su orden arribo con fortuna a tierra firme, de ahí prosiguió su viaje a esta ciudad de los Reyes, llegando en 1557(51).

Donde comenzó aquí el padre Hervias a intervenir en las actividades de la universidad, dada su versación con los usos y costumbres escolásticas, pronto se organizaron las aulas y se regularizaron los cursos y como el llevara las conclusiones y colaciones vespertinas, vino a ser el oráculo de los estudiantes y consultor obligado de los prelados y tribunales de la ciudad (52).

Como ya lo mencionamos el padre Hervias en 1565 sucedía al padre de la Cerda, en el priorato del convento del Rosario y en el rectorado de la universidad, su periodo de gobierno debía pues fenecer normalmente en 1568 pero no sucedió así, porque se encontraban agriadas sus relaciones con el provincial fray Pedro de Toro, a quien enrostraría sus tratos supersticiosos con la ilusa María Pizarro(53) es así que de Toro lo retiro del cargo de prior y rector y procuro que eligiesen al padre fray Francisco de la Cruz, su confidente en los tratos con la Pizarro y con las entidades ultraterrenas que se dice mediante ella se manifestaba.

Breve y tumultuoso le vino a resultar el priorato al padre Hervias, cuando aún no alcanzaba a servir su cargo ni siquiera un año, pues en 1566 ya lo obtenía el padre Francisco de la Cruz quien por enero de ese mismo año escribió al Rey, y como rector de la universidad le informaba de las cosas que sucedían aquí, ponderando la inobservancia de los monasterios, la poca religión que se advertía en clérigos y laicos, le insinuaba algunas reformas a su juicio muy necesarias, le pedía enviasen a esta tierra a la Santa Inquisición, sin presagiar el pavoroso fin que el destino le tenía reservado en manos de la terrible Inquisición(54) el padre Francisco de la Cruz era natural de Lopera, villa de la orden de Calatrava en la diócesis de Jaén y en términos de Andújar, siendo niño un clérigo de esa villa se encargó de su primera educación, cuando ya se encontraba suficientemente instruido en latinidad y demás cursos que integraban el trívium, sus padres modestos vecinos del lugar(55) haciendo un gran esfuerzo lo enviaron a Salamanca y luego a Granada, mas no se encontraba muy a gusto y abandono las aulas donde cursaba artes, furtivamente se marchó a Alcalá donde era mayor el concurso de estudiantes y la vida más liviana; no satisfecho con aquel ambiente solicito el habito de santo domingo en el convento de la madre de Dios en aquella villa, cuyos religiosos lo acogieron con benignidad, admitido así en la orden los prelados lo enviaron a Madrid en cuyo convento de Atocha profeso, luego reanudo sus estudios con singular ahínco llevando una vida austera durante cuatro años, cuando debía cursar teología paso a estudiar en el convento de Toro, que era por entonces uno de los estudiantados de la provincia Dominicana de Castilla, como advirtiesen luego los prelados la capacidad del joven estudiante bien se podía sacar algún provecho, acordaron enviarlo al colegio de san Gregorio de Valladolid, donde los estudios teológicos alcanzaban a la sazón merecido renombre; allí se encontraba estudiando cuando fray Domingo de Santo Tomas, de paso por aquel colegio lo invito a venir con él a esta ciudad de los Reyes, donde su actuación podía ser acaso más proficua que en Castilla, dado el reducido número de religiosos letrados que se encontraban en esta parte, habiendo aceptado paso luego a Toledo y se ordenó de subdiácono, y poco después con dispensa de los intersticios canónicos, recibió el diaconado y el presbiterado, acabando por cantar su primera misa en Valladolid.

En 1556 bajo a Sevilla y con otros 5 frailes que venían a las indias se embarcó en la armada que la casa de contratación despachaba aquel año, a mediados del siguiente año llegaba a esta ciudad de los Reyes, se incorporó a la universidad y contribuyo a su organización, actuando poco después en sus aulas como catedrático en teología, pero su existencia en el convento del Rosario fue en ocasiones interrumpida pues el Rdmo de Quito fray Pedro de Peña(56) en carta dirigida a los inquisidores de la suprema con fecha del 15 de abril de 1578, dice que el padre de la Cruz había tenido ausencias viajando a Charcas y Chucuito a adoctrinar indios, luego añadía que el arzobispo de los Reyes lo tenía propuesto como su adjutor(57) ya hemos leído que el priorato del padre de la Cruz no se debió a la libre determinación de sus electores, sino al favor del provincial fray Pedro de Toro, su amigo y confidente sin embargo su actuación en el cargo fue correcta y la disciplina se mantuvo, dentro de la relativa laxitud que predominaba aquí, debido a la fatal injerencia de los religiosos en las postreras contiendas civiles, por lo que atañe a la universidad no sufrió desmedro alguno pues el padre de la Cruz era un hombre ilustrado, sus relaciones con los catedráticos y doctores eran cordiales(58).

Hacia a fines de 1569 fenecía su periodo de gobierno el padre Francisco de la Cruz, y le sucedía en el cargo y en el rectorado de la universidad el Rdmo fray Alonso Guerra, quien desempeñaba el priorato del convento de san Pablo de Arequipa, era muy bien visto pues durante largos años se había desempeñado como cantor mayor, dirigiendo con mucho acierto sus funciones corales y litúrgicas.
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(40) El mismo ex gobernador Vaca de Castro vino a dar en la cárcel, víctima de los recelos del frenético Núñez de Vela, quien lo creía enemigo suyo y traidor a la causa del Rey, solo porque no secundaba su política.
(41) la población de nombre de Dios se trasladó después a Portovelo y con ella se fue el convento, pero no llego a arraigarse allí porque el clima era insalubre, se trasladó a Panamá donde se radico definitivamente.
(42) ver Meléndez, tesoros verdaderos de las indias tomo I libro IV pág. 408.
(43) fue procesado por el tribunal de la Santa Inquisición, pero no llego a ser ejecutado en persona por haber fallecido en la prisión, pero no obstante salió sentenciado a la pena de fuego, en el auto de fe que hizo el tribunal el 1 de abril de 1578, salió en estatua y fue incinerada con las formalidades del rito en el quemadero del pedregal, pues el santo oficio no respetaba la santidad del sepulcro ni el insondable misterio de la muerte.
(44) este religioso fue también perseguido por la Santa Inquisición, por el delito de haber escrito una carta quejándose de la tiranía que los inquisidores ejercían contra algunos frailes de su orden, como a la inquisición más les importaba su prestigio que la fe de Cristo, dieron orden de prisión contra él, pero el padre Vélez entendió que le estaban preparando una celada, con el pretexto de visitar sus conventos del norte se fue a Panamá y de allí a España, dejando burlados a los comisarios que le seguían los pasos muy de cerca, pero la Santa Inquisición tuvo la osadía de escribir a la suprema pidiéndoles lo hiciesen volver al Perú “para tomar de el satisfacción” pero en previsión de cualquier emergencia desagradable el padre Vélez paso a Roma, de donde no había poder para sacarlo dejando burlada a la Inquisición.
(45) ya había tenido aquí serias desavenencias con el virrey Toledo, quien se empeñaba en despojar a los dominicos de las doctrinas que administraba la orden en la provincia andina de Chucuito, para dárselas a los padres de la compañía de Jesús, para este efecto promovió diversas causas valiéndose de informaciones siniestras, que sus agentes secretos agitaban en los indios y que el padre de la Cerda supo esquivar con singular destreza, convencido que no le convenía malquistarse abiertamente con el virrey, quien era orgulloso y muy pagado de su criterio. Ver el libro gobernantes del Perú, tomo III correspondencias del virrey don Francisco de Toledo, paginas 304- 545.
(46) pues logro vindicar a la orden de las acusaciones que el virrey Toledo hiciera a sus doctrineros, y si no recobro toda la provincia de Chucuito pudo volver a la doctrina de Pomata, santuario de nuestra señora muy frecuentado por aquel entonces.
(47) ver morrelli fasti novi orbis, colección de bulas tomo II.
(48) los cronistas no andan de acuerdo a la sucesión de los obispos que ocuparon los primeros tiempos la sede de la Plata en las Charcas, a modo de ilustración los prelados de aquella iglesia desde su erección fueron: fray Tomas de San Martin, fray Domingo de Santo Tomas, don Fernando de Santillán quien fue oidor de esta audiencia, fray Pedro de los Reyes, fray Alonso Granero y Avalos, fray Alonso de la Cerda.
(49) dice el maestro Meléndez que antes de partir hizo ordenes generales en la iglesia del monasterio de la Encarnación de Lima, con singular ostentación y grandeza, pues aunque para sí mismo era muy humilde, cuando ejercía algún acto religioso importante lo hacía a lo grande. De tesoros verdaderos de las indias tomo I libro IV cap. XIII.
(50) el anterior prelado no dejo de si muy grata memoria, porque era tan sórdida su avaricia que solo trataba de acrecentar su renta, agraviando muchas veces a los doctrineros y prebendados, por eso andaba de ordinario muy mal avenido con su cabildo, y decía el Rdmo Lizárraga “que muy pocos se hallaron en su casa al tiempo de su muerte, y luego añade, más vale morir pobremente con bendición del señor qué rico y desamparado. Del libro descripción y población de las indias, libro I pág. 1923, Lima 1908.
(51) ver Meléndez, tesoros verdaderos de las indias, tomo I libro IV cap. 10.
(52) fue consultor del santo oficio donde era muy apreciado por sus dictámenes.
(53) esta María Pizarro era una moza alucinada e histérica, con cualidades de médium definidas pues cuando caía en trance lo hacía por auto hipnosis, entonces se apoderaban de ella entidades muy bajas, aquellas que se denominan espíritus burlones, que simulando ser ángeles o santos traían perplejos a los religiosos que acudían con exorcismos, ahí actuaron los Dominicos fray Alonso Gasco, fray Francisco de la Cruz, el provincial fray Pedro de Toro, los jesuitas Luis López y Jerónimo Ruiz del Portillo; todos ellos se fueron dejando sugestionar tan sutilmente por sus interlocutores ultraterrenos que acabaron por reputarlos espíritus bienaventurados y altísimos, porque en sus manifestaciones solían entremezclar algunas verdades y enseñanzas morales, como suele enmascararse el mal hasta hoy.
(54) decía en su carta al Rey “sería un gran remedio para la cristiandad de esta tierra y para prevenir males, que su majestad enviara a esta ciudad de los Reyes a la inquisición” sin presagiar que moriría en manos de ella.
(55) se llamaba Pedro García Chiquero y Marina Sánchez, ambos cristianos viejos y de laudables costumbres.
(56) aunque este prelado era de la orden de santo Domingo, mas pudo en el su afecto a la inquisición que su espíritu de cuerpo, pues fue el más violento acusador de los infortunados frailes que habían tenido la mala suerte de caer en manos del feroz tribunal, falleció en Lima durante el III concilio y se enterró en la capilla del santo oficio legando todos sus bienes al tribunal de la inquisición.
(57) ver Medina, historia de la inquisición de Lima, tomo I.
(58) a la sazón servía ahí la catedra de maestro de las sentencias.